بخش داروخانه مرکز سلامت ستاد اجرایی فرمان امام(ره) در طبقه همکف واقع گردیده است. این داروخانه تمام داروهای مورد نیاز افراد مراجعه کننده به مرکز و همچنین داروهای مورد نیاز در سایر بخش‌های مرکز را دارا می باشد.